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http://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/90| Desarrollo y evaluación de métodos moleculares para la detección e identificación de dinoflagelados tóxicos y nocivos en las costas de México | |
| Angélica Herrera Sepúlveda | |
| NORMA YOLANDA HERNANDEZ SAAVEDRA | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| FAN; métodos moleculares; ARNr; CE‐SSCP; HRM; WC‐FISH; Prorocentrales bentónicos | |
| In Mexican waters, there is no formal and well‐established monitoring program for Harmful Algal Bloom (HAB) events. The aim of this study was to develop molecular methods based on ribosomal markers for the rapid identification of HAB species to improve monitoring activities along Mexican coasts. The molecular methods tested were CE‐SSCP and HRM for the community composition analysis. For CE‐SSCP the LSU D7 region provided the best resolution to separate and identify nine species of harmful dinoflagellates. However the HRM analysis using the LSU D7 fragment had low resolution to discriminate between species of the genus Prorocentrum, so it was only possible to identify two groups; grouping is mainly the joint habitats they share (benthic and planktonic Prorocentrum species). The results obtained in our work suggest that CE‐SSCP and HRM could be a promising approach to obtain a rapid overview of the dinoflagellate composition in environmental samples. However, further specificity tests should be carried. For the specific identification of Prorocentrum species, two methodologies were tested: hybridization methods testing WC‐FISH and microarray formats, and PCR Unfortunately after a careful standardization, it was not possible to discriminate between closely related Prorocentrum species using hybridization and PCR methods. Finally, we evaluated species boundaries of the species P. belizeanum and P. hoffmannianu. Based on the morphological data lead us to conclude that P. belizeanum and P. hoffmannianum might be conespecific. The molecular sequence data do not separate them as two morphospecies and thus they can be considered as the Prorocentrum hoffmannianum species complex, which is separated into phylogenetic clades by their geographic origin [...] En las costas mexicanas, no existe un programa formalmente establecido de monitoreo de eventos de Floraciones Algales Nocivas (FAN). El objetivo de este estudio fue el desarrollar métodos moleculares basados en marcadores ribosomales para la rápida identificación de especies FAN con la finalidad de mejorar las actividades de monitoreo en las costas de México. Para el análisis de comunidades, se probaron las técnicas CE‐SSCP y HRM. En el caso de CE‐SSCP, el fragmento 28S LSU D7 presentó la mejor resolución para separar nueve especies de dinoflagelados. Sin embargo, para discriminar especies del género Prorocentrum se observó una baja resolución a nivel de especie con HMR, encontrándose el agrupamiento de las especies del género únicamente con en base a los hábitos que comparten, es decir: especies bentónicas y planctónicas. Los resultados obtenidos en este trabajo sugieren que los métodos CE‐SSCP y HRM pueden ser utilizados como una primera aproximación para conocer la composición de dinoflagelados en muestras ambientales, no obstante, se recomienda realizar pruebas de especificidad adicionales. Para la identificación específica de especies del género Prorocentrum, se utilizaron dos aproximaciones: métodos de hibridación en los formatos de microarreglo y células completas (WC‐FISH) y PCR. Desafortunadamente, después de una detallada estandarización de estas metodologías, no se obtuvo la suficiente resolución para discriminar entre especies del género Prorocentrum cercanamente relacionadas. Finalmente, se evaluaron los límites de las especies mediante la integración de análisis morfológico y molecular para las especies P. belizeanum y P. hoffmannianum. Las sutiles diferencias morfológicas encontradas, nos permiten concluir que P. hoffmannianum y P. belizeanum son conespecíficas. Los datos moleculares no separan a estos organismos como dos morfoespecies, por lo tanto pueden ser consideradas como el complejo de especies Prorocentrum hoffmannianum, los cuales se encuentran filogenéticamente separados en clados en base a su origen geográfico [...] | |
| Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | |
| 10-03-2014 | |
| Tesis de doctorado | |
| Español | |
| ALGOLOGÍA (FICOLOGÍA) | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis de Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales |
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| herrera_a.pdf | Tesis de Angélica Herrera Sepúlveda | 5.83 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |