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Identificación, caracterización y herencia de microsatélites y su aplicación como marcadores moleculares en un programa de mejoramiento de camarón blanco
Pedro Cruz Hernández
CLAUDIO HUMBERTO MEJIA RUIZ
RICARDO PEREZ ENRIQUEZ
Acceso Abierto
Atribución-NoComercial-SinDerivadas
Litopenaeus vannamei; microsatélites; PCR; variabilidad genética
Enmarcado dentro de un programa de mejoramiento genético de camarón blanco (Litopenaeus vannamei) y con fines de evaluar la variabilidad genética dentro de dicho programa, se identificaron marcadores moleculares tipo microsatélites, abarcando desde su secuenciación, caracterización, diseño de iniciadores, optimización del PCR y análisis de ajuste a una herencia mendeliana. Para caracterizar a los microsatélites se construyó una genoteca parcial Sau3A1 con aproximadamente 2000 clonas. Para identificar a los microsatélites se siguieron dos estrategias: A) secuenciado directo de clonas y B) secuenciado de clonas que hibridaran positivamente con dos sondas biotiniladas (CT)10 y (GT)10. Los microsatélites identificados fueron principalmente dinucleótidos, 58.82 % (1/0.42 kb), seguidos de trinucleótidos, 27.73 % (1/0.88 kb), tetranucleótidos, 9.25 % (1/2.7 kb), y pentanucleótidos, 4.2 % (1/5.84 kb). El microsatélite (CT)n fue el mas abundante seguido de (GT)n, coincidiendo con un reporte previo para esta misma especie, a pesar de que en Penaeus monodon, y en la mayoría de los artrópodos y vertebrados, el dinucleótido (GT)n es el mas abundante. La elevada presencia de una región previamente reportada de un satelite/microsatélite (PVS1) en las clonas (43.33 %), y por ende en el genoma de L. vannamei (1/0.8 kb) disminuyó la probabilidad de identificar nuevas regiones microsatélites, por lo que se propone conformar librerías de DNA genómico cortando con enzimas de restricción (ej. HaeIII, AluI, o HincII, vector SmaI) que no reconozcan tal región. Después de secuenciar 90 clonas (29,199 pb), e identificar 119 regiones microsatélites en 56 de éstas, con una abundancia de microsatélites de 1 cada 0.25 kb, se evaluaron 25 pares de iniciadores diseñados en las zonas flanqueantes de los microsatélites para amplificarlos mediante la “reacción en cadena de la polimerasa” (PCR). Siete fueron los microsatélites amplificados, de los cuales cinco presentaron claros patrones de bandeo. Los cinco microsatélites amplificados exitosamente por PCR tienen un elevado potencial para la evaluación de variabilidad genética en poblaciones naturales de L. vannamei. De los dos microsatélites más polimórficos (Pvan1758 y Pvan1815) se optimizó la reacción de PCR hasta interpretar correctamente sus diferentes variantes alélicas y genotipos individuales [...]
As an integral part of a genetic breeding program of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) the genetic variability was evaluated with molecular markers, specifically microsatellites identified de novo, including their characterization, sequencing, primers design, PCR optimization, and agreement to Mendelian inheritance expectations. A Sau3A1 partial genomic library with 2000 clones was produced. Two strategies were followed to identify microsatellites: A) direct sequencing of clones, and B) sequencing of positive clones to biotinylated probes (CT)10 and (GT)10. The most abundant identified microsatellites were dinucleotides, 58.82 % (1/0.042 kb), followed by trinucleotides, 27.73 % (1/0.88 kb), tetranucleotides, 9.25 % (1/2.7 kb), and pentanucleotides, 4.2 % (1/5.84 kb). The most abundant microsatellite was (CT)n followed by (GT)n, in agreement with a previous report in L. vannamei and contrasting with Penaeus monodon and most of the arthropods species where (GT)n is the most abundant dinucleotide. There was a previously reported satellite/microsatellite region (PVS1) in 43.33 % of the clones, resulting in a high abundance in the L. vannamei genome (1/0.8 kb). Because the presence of this microsatellite in the shrimp genome reduces the possibility of finding new microsatellites, we propose the construction of libraries by cutting with restriction enzymes that do not recognize any sequence in the PVS1 region (i.e. HaeIII, AluI, or HincII, vector SmaI). After sequencing 90 clones (29,199 bp), and identifying 119 microsatellite regions in 56 clones, an abundance of one microsatellite per 0.25 kb, the amplification by PCR of 25 designed primers pairs was evaluated. Seven microsatellites were amplified, and the banding pattern was clearly interpreted in five of them. These microsatellites have a high potential in genetic variation studies of populations of L. vannamei. The PCR amplification of the most polymorphic microsatellites (Pvan1758 y Pvan1815) was optimized to identify alleles and genotypes [...]
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.
28-10-2003
Tesis de doctorado
Español
GENÉTICA DE POBLACIONES
Versión publicada
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Appears in Collections:Tesis de Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales

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