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http://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/2980| PATRONES DE BIODIVERSIDAD DE ADN AMBIENTAL EN EL GOLFO DE CALIFORNIA | |
| CAMILA MAC LOUGHLIN ALEMAN | |
| Fausto Valenzuela Quiñonez ADRIAN MUNGUIA VEGA | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| ADN ambiental, metabarcoding, biodiversidad comunitaria, árbol de la vida, biomonitoreo eDNA, metabarcoding, community biodiversity, tree of life, biomonitoring | |
| "La integración de monitoreos tradicionales de biodiversidad con metabarcoding de ADN ambiental se ha vuelto frecuente por su complementariedad taxonómica. Sin embargo, las comparaciones de métodos tradicionales y novedosos con datos históricos a largo plazo siguen siendo escasas, dificultando poner en perspectiva la contribución de cada uno. Se llevaron a cabo evaluaciones exhaustivas de la biodiversidad en las regiones Norte y Central del Golfo de California utilizando tanto metabarcoding de ADN ambiental, como censos visuales, capturas de peces con uso de anestésico, y un compilado histórico de especies de la región. En primer lugar, se empleó el metabarcoding de ADN ambiental con el metabarcode 18S para apuntar a grandes grupos de eucariotas: invertebrados, vertebrados, algas, hongos y otros eucariotas. El nuevo compilado de eucariotas incluyó 52 phyla, 160 clases, 577 órdenes, 1,599 familias, 3,525 géneros, y 6,375 especies. Los análisis revelaron una diversidad taxonómica sustancial previamente pasada por alto, con el metabarcode 18S detectando una gran diversidad de altos rangos taxonómicos dentro de mirco-invertebrados, hongos microscópicos y otros micro-eucariotas. En general, se encontró que cada método de monitoreo presentó diferente sesgo taxonómico, con pocas detecciones de vertebrados con el metabarcode 18S, censos visuales enfocados a peces y algunos macro-invertebrados dentro de 7 phyla, y registros históricos con una pobre riqueza de hongos y micro-eucariotas. En segundo lugar, se compararon peces crípticos y conspicuos detectados mediante el metabarcode 12S, censos visuales y capturas con anestésico, cuyos niveles se compararon con aquellos del registro histórico. Mientras que la contribución del ADN ambiental a las 139 especies de peces conspicuos fue equiparable a censos visuales, solo 5 de las 60 especies de peces crípticos detectadas aparecieron en el metabarcode 12S, destacando el uso de anestésico como el mejor método de detección, bajo las limitantes del presente estudio. A pesar de los desafíos, como las bases de datos de referencia genética incompletas y los sesgos metodológicos detectados, la combinación de métodos expandió significativamente la amplitud taxonómica en comparación con los registros históricos, enfatizando la necesidad de incorporar técnicas novedosas para una comprensión más completa de la biodiversidad regional del Golfo de California..." "Integrating traditional biodiversity monitoring with environmental DNA metabarcoding has become common due to their taxonomic complementarity. However, comparisons of traditional and novel methods with long-term historical data remain scarce, hindering the perspective on the contribution of each. Comprehensive biodiversity assessments were conducted in the Northern and Central regions of the Gulf of California using both environmental DNA metabarcoding and traditional methods such as visual censuses, fish captures using anesthetics, and a historical compilation of species in the region. Firstly, environmental DNA metabarcoding with the 18S metabarcode was employed to target major groups of eukaryotes: invertebrates, vertebrates, algae, fungi, and other eukaryotes. The new compilation of eukaryotes included 52 phyla, 160 classes, 577 orders, 1,599 families, 3,525 genera, and 6,375 species. Analyses revealed substantial taxonomic diversity previously overlooked, with environmental DNA metabarcoding detecting a wide diversity of high taxonomic ranks within micro-invertebrates, microscopic fungi, and other micro-eukaryotes. Overall, each monitoring method showed different taxonomic biases, with few vertebrate detections with the 18S metabarcode, visual censuses focused on fish and some macro-invertebrates within 7 phyla, and historical records with poor richness of fungi and micro-eukaryotes. Secondly, cryptic and conspicuous fish detected through the 12S metabarcode, visual censuses, and anesthetic captures were compared, with detections then compared to those of the historical record. While the contribution of environmental DNA to the 139 species of conspicuous fish was comparable to visual censuses, only 5 out of 60 species of cryptic fish detected appeared in the 12S metabarcode, highlighting the use of anesthetics as the best detection method, under the limitations of the present study. Despite challenges such as incomplete genetic reference databases and detected methodological biases, the combination of methods significantly expanded the taxonomic breadth compared to historical records, emphasizing the need to incorporate novel techniques for a more comprehensive understanding of the regional biodiversity of the Gulf of California..." | |
| Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S. C. | |
| 2024 | |
| Tesis de doctorado | |
| Español | |
| GENÉTICA DE POBLACIONES | |
| Versión aceptada | |
| acceptedVersion - Versión aceptada | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis de Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales |
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