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http://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/2969| Estrategias de trazabilidad genética y análisis de parentesco en camarón blanco Penaeus (Litopenaeus) vannamei | |
| ADRIANA MAX AGUILAR | |
| RICARDO PEREZ ENRIQUEZ | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| SNP, trazabilidad, análisis de parentesco, GT-seq, 2bRAD traceability, parentage analysis | |
| "El camarón blanco Penaeus (Litopenaeus) vannamei es una de las especies acuícolas más importantes a nivel mundial y la más importante en México por su valor comercial. En el país, la tasa crecimiento en los últimos 10 años fue del 4.56% sin embargo, su producción ha sufrido afectaciones importantes, principalmente por la presencia de enfermedades. Se ha demostrado que la implementación de programas de mejoramiento genético incrementa la producción a través del desarrollo de líneas genéticamente mejoradas, en las cuales las características seleccionadas son acumulativas y permanentes. Estos programas requieren monitorear la diversidad genética, necesaria para optimizar los caracteres económicamente importantes. Asimismo, se requiere el seguimiento del pedigrí de los individuos, esencial para definir esquemas selectivos de entrecruzamiento y evitar la pérdida de variabilidad a través de las generaciones de cultivo, ya que deficiencias en el manejo pueden llevar a la depresión por endogamia, afectando el desempeño de los organismos. Por otro lado, la caracterización e identificación genética de líneas de cultivo permiten conocer su estado genético, así como la posible trazabilidad y autentificación de origen de los productos acuícolas, esto es importante por cuestiones de seguridad alimentaria, así como para evitar prácticas fraudulentas. El objetivo de este trabajo fue la caracterización genómica de poblaciones de cultivo en México y la evaluación de estrategias de trazabilidad y análisis de parentesco en P. vannamei mediante el desarrollo e implementación de paneles de SNPs (polimorfismos de una base) de baja densidad. Se desarrollaron paneles de SNPs con las técnicas 2bRAD y GT-Seq. La caracterización genómica de lotes de cultivo con este último permitió distinguir hasta seis grupos genéticos con diferentes orígenes de importación en México, y una clara diferenciación genética entre el lote de cultivo con origen en México y los lotes con origen de importación; además, se observó similitud entre los perfiles genéticos de algunos lotes de cultivo y poblaciones silvestres, lo que indicaría la posible introgresión de organismos de cultivo a las poblaciones naturales..." "The whiteleg shrimp Penaeus (Litopenaeus) vannamei is one of the most important aquaculture species worldwide, and in Mexico, it is the main aquaculture species due to its commercial value. In Mexico, the growth rate in the last ten years was 4.56%. However, its production has been affected mainly by diseases. The implementation of breeding programs is an effective approach to enhance aquaculture production by developing improved genetic stocks in which selected traits are cumulative and permanent. These programs require monitoring genetic diversity, necessary to optimize economically important traits. In addition, monitoring of the pedigree is essential to define selective breeding schemes and avoid the loss of variability through generations, because management deficiencies lead to inbreeding depression, affecting the organisms’ performance. On the other hand, the characterization and genetic identification of aquaculture stocks allow knowing their genetic status, as well as the possible traceability and authentication of the origin of aquaculture products. This is important for food safety, as well as to avoid fraudulent practices. The objective of this work was the genomic characterization of aquaculture stocks in Mexico and evaluate traceability strategies and parentage analysis in P. vannamei through low-density SNP (single base polymorphisms) panels. SNP panels were developed by 2bRAD and GT-Seq techniques. The genomic characterization of cultured hatcheries with the last one allowed the distinction of up to six genetic groups with different import origins in Mexico, and a clear genetic differentiation between the hatcheries from Mexico and commercially important lines. Furthermore, similarity was observed between the genetic profiles of some cultured stocks and wild populations, which could indicate the possible introgression of aquaculture organisms into the environment. In the validation of the low-density SNP panel for traceability, the assignment of 46% of the “blind” samples to the five genetic groups of known origin previously reported for Mexico was achieved. The lack of assignment of the rest of the individuals was due to different reasons, among which was the lack of reference samples for some origins (as in the case of the Hawaii-imported batch), as well as changes in allele frequencies due to different types of management within and between hatcheries, which complicate this kind of analysis..." | |
| Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S. C. | |
| 2024 | |
| Tesis de doctorado | |
| Español | |
| GENÉTICA ANIMAL | |
| Versión aceptada | |
| acceptedVersion - Versión aceptada | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis de Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales |
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