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Diversidad genética del coral Pseudodiploria strigosa en el Caribe mexicano
Luz Magali Sánchez Méndez
DAVID ARTURO PAZ GARCIA
Fausto Valenzuela Quiñonez
Acceso Abierto
Atribución-NoComercial-SinDerivadas
SNPs, escleractinios, genómica, ddRAD-seq, conservación
scleractinians, genomics, conservation
"Los arrecifes de coral del Caribe Mexicano están en crisis debido a múltiples amenazas persistentes a las que se enfrentan. Una de las amenazas más recientes es la pérdida de tejido de corales pétreos (SCTLD). Dentro de las especies más afectadas se encuentra Pseudodiploria strigosa, especie de gran importancia ecológica al ser un coral perteneciente al orden de los escleractinios (formadores de arrecifes). Es de vital importancia integrar estudios genéticos para conservar el potencial adaptativo y evolutivo de las especies ante el cambio climático y enfermedades emergentes. Desafortunadamente no existen suficientes estudios en el Caribe mexicano que detallen la dinámica poblacional de la especie, así como su conectividad y diversidad genética, lo que dificulta dichas acciones de conservación. Debido a la forma de reproducción de Pseudodiploria strigosa y su alto potencial de dispersión se espera que exista una alta diversidad genética en la zona de estudio. El objetivo del estudio se centró en evaluar la diversidad genética en diferentes localidades del Caribe mexicano mediante el uso de las herramientas moleculares y la aplicación de técnicas de secuenciación utilizando polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), marcadores mitocondriales y nucleares. Se analizaron muestras de tejido de Pseudodiploria strigosa de 146 colonias diferentes. Se elaboraron las librerías genómicas para ser enviados a secuenciar por medio de Ilumina y también se llevó a cabo la secuenciación Sanger para poder observar la diversidad genética por medio de la diversidad haplotípica y nucleotídica. Aunque se obtuvo un catálogo de 463,043 loci, no se encontraron loci compartidos entre las localidades o entre colonias dentro de las localidades al momento de filtrar por localidades e individuos. Para el marcador Pax-C se detectaron 24 haplotipos únicos, y elevada diversidad haplotípica Hd = 0.764±0.04 y baja diversidad nucleotídica p = 0.0064±0.0007. El marcador MaSC1 se obtuvieron 22 haplotipos únicos y una mayor diversidad haplotípica Hd = 0.918±0.02 y baja diversidad nucleotídica p = 0.0088±0.0007. Estos valores se han observado en poblaciones que han experimentado un estrechamiento del número de individuos seguido por un posterior crecimiento poblacional. Este trabajo es pionero en la generación del conocimiento genético de la especie."
"The coral reefs of the Mexican Caribbean are in crisis due to multiple persistent threats they face. One of the most recent threats is the Stony Coral Tissue Loss Disease (SCTLD). Among the most affected species is Pseudodiploria strigosa, a species of great ecological importance as it belongs to the order of scleractinians (reef builders). It is vital to integrate genetic studies to conserve the adaptive and evolutionary potential of species in the face of climate change and emerging diseases. Unfortunately, there are not enough studies in the Mexican Caribbean detailing the population dynamics of the species, as well as its connectivity and genetic diversity, which hinders conservation efforts. Due to the reproductive mode of Pseudodiploria strigosa and its high potential for dispersal, it is expected to have high genetic diversity in the study area. The objective of the study focused on evaluating genetic diversity in different locations of the Mexican Caribbean using molecular tools and applying sequencing techniques with single nucleotide polymorphisms (SNPs), mitochondrial, and nuclear markers. Tissue samples from 146 different colonies of Pseudodiploria strigosa were analyzed. Genomic libraries were prepared to be sequenced using Illumina, and Sanger sequencing was also performed to observe genetic diversity through haplotypic and nucleotide diversity. Although a catalog of 463,043 loci was obtained, no loci were found shared among locations or colonies within locations when filtering by locations and individuals. For the Pax-C marker, 24 unique haplotypes were detected, with high haplotypic diversity Hd = 0.764±0.04 and low nucleotide diversity π = 0.0064±0.0007. For the MaSC1 marker, 22 unique haplotypes were obtained, with higher haplotypic diversity Hd = 0.918±0.02 and low nucleotide diversity π = 0.0088±0.0007. These values have been observed in populations that have undergone a bottleneck followed by subsequent population growth. This work is pioneering in generating genetic knowledge of the species."
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S. C.
2024
Tesis de maestría
Español
GENÉTICA ANIMAL
Versión aceptada
acceptedVersion - Versión aceptada
Appears in Collections:Tesis de Maestría en Ciencias en Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales

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