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http://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/2658| Delineación molecular de especies de Pocillopora (Lamarck, 1816) utilizando marcadores mitocondriales y nucleares recuperados de librerías transcriptómicas | |
| Francisco José Gutiérrez Gutiérrez | |
| Eduardo Francisco Balart Páez DAVID ARTURO PAZ GARCIA | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| RNA-Seq, filogenética, Scleractinia, bioinformática RNA-Seq, phylogenetics, bioinformatics, Scleractinia | |
| "La incorporación de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento (HTS) al estudio de la biodiversidad de sistemas arrecifales ha propiciado el uso del concepto filogenético de especie como un paradigma predominante en la descripción de nuevos grupos taxonómicos. Particularmente en géneros como Pocillopora, cuyas características morfológicas no son consistentes con la historia evolutiva propuesta por distintos marcadores moleculares, resulta indispensable un análisis genético comparativo de marcadores tradicionales con los desarrollados a partir de análisis filogenómico. El objetivo del presente trabajo fue comparar el número de especies resultantes de análisis filogenético, análisis de delimitación de especies de un solo locus y análisis de redes haplotípicas de los marcadores mt AT6-ORF y HSP70, con las especies resultantes de análisis filogenéticos, de componentes principales y ancestría individual de SNPs derivados de exones exclusivos de corales escleractíneos. Se encontró una discordancia mito-nuclear, en la cual el número de especies resultantes para las 46 librerías RNA-Seq mediante el análisis a priori del marcador mitocondrial AT6-ORF fueron seis, y mediante SNPs bialélicos derivados de exones cuatro especies. Los resultados concuerdan con aproximaciones recientes en las cuales tanto el uso de loci individuales, o cientos de loci nucleares compartidos entre individuos, rechazan las hipótesis de monofilia recíproca entre linajes evolutivos propuestas mediante análisis del mitogenoma. Futuros estudios que indaguen en el proceso de especiación mediante herramientas genómicas podrán corroborar si esta discordancia corresponde o no a eventos de contacto secundario entre especies con barreras reproductivas incipientes. " "The use of high-throughput sequencing (HTS) technologies to the study of the biodiversity of reef systems has led to the use of the phylogenetic species concept as a predominant paradigm in the description of new taxonomic groups. Particularly in coral genera such as Pocillopora, whose morphological characteristics are not consistent with the evolutionary history proposed by different molecular markers, a comparative genetic analysis of traditional markers with those developed from phylogenomic analysis is essential. The aim of the study was to compare the number of species resulting from phylogenetic analysis, single-locus species delimitation analysis (mt AT6-ORF, HSP70) and haplotypic network analysis, with the species resulting from phylogenetic, principal component analysis and individual ancestry of SNPs derived from exons exclusive to scleractinian corals. A mito-nuclear discordance was found, in which the number of species proposed for the 46 RNA-Seq libraries analyzed by the analysis of the mitochondrial region AT6-ORF, is greater (6) than the number obtained by biallelic SNPs (4). The results agree with recent approaches in which either the use of individual loci, or hundreds of nuclear loci shared between individuals, reject the reciprocal monophyly hypothesis between evolutionary lineages proposed by mitogenome analysis. Future studies that investigate the speciation process using genomic tools will be able to corroborate whether or not this discrepancy corresponds to secondary contact events between species with incipient reproductive barriers." | |
| Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S. C. | |
| 2022 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| GENÉTICA ANIMAL | |
| Versión aceptada | |
| acceptedVersion - Versión aceptada | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis de Maestría en Ciencias en Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales |
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| gutierrez_f TESIS.pdf | Tesis de Francisco José Gutiérrez Gutiérrez | 1.7 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |