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Genómica comparativa de bacterias patógenas halófilas aisladas de granjas acuícolas de Baja California Sur
ANAIS LUCIA LUCERO OLACHEA
NORMA ANGELICA ESTRADA MUÑOZ
RICARDO VAZQUEZ JUAREZ
Acceso Abierto
Atribución-NoComercial-SinDerivadas
Genomica comparativa, bacterias patógenas, Vibrionaceae, acuicultura
Comparative genomics, pathogenic bacteria, aquaculture
"Algunos miembros de la familia Vibrionaceae, son bacterias patógenas que causan mortalidad en organismos marinos de cultivo. La genómica comparativa ha revolucionado el campo de estudio de estas bacterias; herramienta poderosa que permite identificar factores de virulencia, realizar análisis comparativos y filogenéticos, así como el estudio de redes metabólicas. El objetivo de este trabajo es evaluar y comparar in silico genomas de bacterias halófilas de la Familia Vibrionaceae aisladas en granjas acuícolas de Baja California Sur, de organismos que presentaron signos de patogenicidad en diferentes hospederos (Crassostrea gigas, Litopenaeus vannamei y Totoaba macdonaldi). Se eligieron 8 cepas patógenas de las especies Vibrio campbellii, V. parahaemolyticus y Photobacterium damselae subesp. damselae. Se extrajo el ADN genómico de cada cepa y se secuenciaron en la plataforma de Illumina Miseq (lecturas pareadas de 2 x 150 pb). Se evaluó la calidad de las lecturas con Nextera cleaner. Se ensamblaron secuencias cromosómicas (SPAdes, A5, Mix) y de profagos (Phaster). Se anotó con PROKKA y RASTtk. Se evaluó la filogenia con 16S ARNr, ANI y MLST. Con CMG-Biotools se analizaron el uso de codones y aminoácidos, y se compararon proteomas y el análisis del genoma núcleo y pangenoma. Se analizó el fenotipo con Traitar. Los factores de virulencia se analizaron usando la base de datos VFDB. Las cepas estudiadas tienen dos cromosomas circulares de diferente tamaño. El ADN cromosómico presentan diferencias en el contenido de GC agrupándose V. parahaemolyticus y V. campbellii (45%), mientras que la cepa P.damselae subsp. damselae tuvo un %GC menor (41%). El tamaño del genoma de las cepas de Vibrio tuvo un rango de 5.2-5.9 Mb mientras que el de P.damselae subsp. damselae contiene 4.4 Mb. Las cepas de Vibrio spp., muestran un genoma más grande al incrementarse el contenido de %GC, en consecuencia, tienen una tendencia a llegar a invadir varios hospederos. En las secuencias cromosómicas se identificaron diversos profagos especie-específicos del hospedero. Las cepas de V. parahaemolyticus 6 y M mostraron distancias filogenéticas mayores que las cepas 7L, 1A, A1 y N, resultados similares en el uso de codones y aminoácidos, así como en el análisis de proteomas. Estas últimas cepas podrían ser consideradas bacterias emergentes con poca variación evolutiva..."
"Some members of the Vibrionaceae family are pathogenic bacteria that cause mortality in marine culture organisms. Comparative genomics has revolutionized the field of study of these bacteria that allows identifying virulence factors, perform comparative and phylogenetic analyses, as well as the study of metabolic networks. The objective of this work is to evaluate and compare in silico genomes of halophilic bacteria of the Vibrionaceae Family isolated from aquaculture farms in Baja California Sur, which showed signs of pathogenicity in different hosts (Crassostrea gigas, Litopenaeus vannamei, and Totoaba macdonaldi). We selected eight pathogenic strains of the species Vibrio campbellii, V. parahaemolyticus, and Photobacterium damselae subsp. damselae. Genomic DNA was extracted and sequenced on the Illumina Miseq platform (2 x 150 paired-end reads). The quality of the reads was evaluated with nextera cleaner. We assembled chromosomal (SPAdes, A5, Mix) and prophage (Phaster) sequences. Annotation was made with PROKKA and RASTtk. The phylogeny was evaluated with 16S RNAr, ANI, and MLST. CMG-Biotools serve for evaluating the use of codons and amino acids, comparison of proteomes, and analyzing the core genome and pangenome. The phenotype was analyzed with Traitar. Virulence factors were analyzed with VFDB. The strains studied have two circular chromosomes, from different size. Chromosomal DNA shows differences in GC content grouping V. parahaemolyticus and V. campbellii (45%), while P.damselae subsp. damselae had a lower GC (41%). The genome size of Vibrio strains had a range of 5.2-5.9 Mb while that of P. damselae subsp. damselae was 4.4 Mb. The Vibrio spp. strains show a larger genome as the% GC content increases; as a result, they tend to invade several hosts. In the chromosomal sequences, several species-specific host prophages were identified. Strains of V. parahaemolyticus 6 and M showed phylogenetic distances greater than strains 7L, 1A, A1, and N, similar results in the use of codons and amino acids, as well as in the analysis of proteomes. These last strains could be considered emerging bacteria with a little evolutionary variation. It was confirmed with the pangenome that V. parahaemolyticus contains a plastic and diverse genome since its core genome is conserved, and the variable genome expands..."
CENTRO DE INVESTIGACIONES BIOLÓGICAS DEL NOROESTE, S. C.
2020
Tesis de maestría
Español
BACTERIOLOGÍA
Versión aceptada
acceptedVersion - Versión aceptada
Appears in Collections:Tesis de Maestría en Ciencias en Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales

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