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GENÓMICA POBLACIONAL DEL GOBIO Elacatinus puncticulatus (Ginsburg, 1938) EN EL GOLFO DE CALIFORNIA
ALEJANDRA QUINTERO GRIJALVA
Fausto Valenzuela Quiñonez
Pedro Cruz Hernández
Acceso Abierto
Atribución-NoComercial-SinDerivadas
Genómica poblacional, Golfo de California, ddRad-Seq, marcadores neutrales, marcadores outliers, heterogeneidad ambiental, gobio cabeza roja
Populations genomics, Gulf of California, ddRAD-Seq, neutral markers, outlier markers, environmental heterogeneity, red-headed goby
"El estudio de las poblaciones marinas y la determinación de los grupos poblacionales es importante para la conservación y manejo de las especies. Sin embargo, la complejidad de las historias de vida de los organismos marinos y del amiente marino, lo vuelven una tarea complicada. La genómica de poblaciones es una herramienta indirecta que nos permite inferir la estructura poblacional de especies en vida silvestre a través de variaciones en las frecuencias alélicas a lo largo del genoma. Algunas de sus ventajas son una mejor representación del genoma y la capacidad de distinguir entre marcadores bajo fuerzas neutrales y selección natural (outliers). En este sentido la marcada heterogeneidad ambiental y el patrón de corrientes del Golfo de California (GC) lo hacen un laboratorio natural para inferir el efecto de estas fuerzas sobre las poblaciones marinas. El objeto de estudio es el gobio cabeza roja (Elacatinus puncticulatus), el cual habita en arrecifes rocosos y coralinos a lo largo del GC. Su amplia distribución sobre un ambiente heterogéneo, su historia dee vida ligada a la costa rocosa del GC y su baja movilidad durante etapa adulta, le confieren un fuerte potencial para ser utilizada como especie modelo en estudios de genómica poblacional. El objetivo de este trabajo fue el de determinar la estructura genómica del gobio E. punticulatus a lo largo del GC. Mediante la técnica de secuenciación masiva ddRADseq se obtuvieron las secuencias genómicas de un total de 127 individuos distribuidos en 19 sitios de muestreo a lo largo del GC. Se identificaron un total de 4,979 marcadores, de los cuales 4,953 fueron neutrales y 26 outliers. La estructura inferida con marcadores neutrales nos sugiere la existencia de dos grupos poblacionales, dividiendo la región norte del sur, con un quiebre genético entre los sitios de Mulegé y Loreto, entre estas zonas se detectó una introgresión clinal, la cual nos sugiere una zona de mezcla en latitudes intermedias. Esto podría ser señal de contacto secundario, el cual ha sido mantenidos por las dinámicas oceanográficas y ambientales contemporáneas del GC. Mientras que la estructura con marcadores outliers nos sugiere tres grupos con potencial adaptativo: 1) Bahía de los Ángeles, 2) Mulegé, y 3) Loreto, La Paz y Los Cabos, las cuales coinciden con bioregiones basadas en la composición ictiofaunística del GC..."
"The study of marine populations and the determination of population groups is relevant for the conservation and management of species. However marine organisms present complex life histories, and combined with the marine environment characteristics, make it a complicated task. Population genomics is an indirect tool that enable to infer population structure of wildlife trough variations in the allelic frequencies throughout the genome. Some of its advantages are a better representation of the genome, and discriminate between markers under neutral forces and natural selection (outliers). Outlier markers have a potential to be candidate to selection, and they might reflect the effect of environmental variables over the genomic structure. In this regard, environmental heterogeneity and oceanographic complex of the Gulf of California (GC) became a natural laboratory to infer the effect of this forces over marine populations. The study is focus in the red-headed goby (Elacatinus puncticulatus (Ginsburg, 1983)), which inhabits rocky and coral reefs along the GC. Its wide distribution over heterogeneous environment, its life history linked to the rocky coast of the GC and its low mobility during its adult stage, gives it a potential to be used as a model species in populations genomic studies. The aim of this work was to determine the genomic structure of the goby E. puncticulatus along the GC. Using the ddRADseq (Peterson et al., 2012), sequences of a total of 127 individual distributed in 19 sampling site along the GC were obtained. A total of 4,979 SNP markers were identified, of which 4,953 were neutral, and 26 outliers. The structure inferred with neutral markers suggests the existence of two population groups, dividing the northern and southern region, with a genetic break between the sites in Mulegé and Loreto, between this areas a clinal introgression was detected, which suggests an area of admixture in intermediate latitudes. This could be a secondary contact signal, which has been maintained by the contemporary oceanographic and environmental dynamics of the GC. While structure of outlier markers suggest three groups with adaptive potential: 1) Angeles Bay, 2) Mulege, and 3) Loreto, La Paz, and Los Cabos. Again, a transition zone was observed between Mulege and Loreto regions, associated with a gene introgression and higher genetic diversity values..."
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S. C.
2020
Tesis de maestría
Español
DINÁMICA DE LAS POBLACIONES
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Appears in Collections:Tesis de Maestría en Ciencias en Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales

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