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METAGENOMA ASOCIADO A ÁREAS HOSPITALARIAS: IDENTIFICACIÓN DE BACTERIAS CAUSANTES DE INFECCIONES NOSOCOMIALES Y GENES DE RESISTENCIA A ANTIMICROBIANOS EN PACIENTES DE TERAPIA INTENSIVA
CAROLINA GARCIGLIA MERCADO
GRACIA ALICIA GOMEZ ANDURO
Felipe de Jesús Ascencio Valle
Acceso Abierto
Atribución-NoComercial-SinDerivadas
16S rRNA metagenomics, Healthcare-associated infection, antimicrobial drug resistance, loop-mediated isothermal amplification
Infecciones Asociadas a la Atención de la Salud, Multidrogo Resistentes, LAMP, ESBL
"Las infecciones asociadas a la atención de la salud (IAAS), están relacionadas con una elevada morbilidad, mortalidad y un gasto económico importante debido a la sobre estancia hospitalaria que estás generan. Además, el uso generalizado e indiscriminado de antimicrobianos en el tratamiento de estas infecciones promueve la selección y permanencia de cepas multidrogo resistentes (MDR) que eventualmente pueden emerger o distribuirse en las unidades hospitalarias. El objetivo de este estudio fue determinar la diversidad de la comunidad bacteriana en el área hospitalaria, así como identificar las bacterias causantes de infecciones nosocomiales en pacientes de las unidades de cuidados intensivos neonatales (UCIN), y cuidados intensivos adultos (UCI), apoyado en el desarrollo, estandarización y validación de una técnica de diagnóstico rápido. Para ello, se realizó la validación analítica y clínica de 15 pruebas diagnósticas basadas en la amplificación isotérmica de ácidos nucleicos (LAMP, por sus siglas en inglés) con 192 cultivos aislados a partir de muestras biológicas de pacientes con infecciones nosocomiales en UCIN y UCI, del HGZ1 IMSS de B.C.S. Se desarrollaron, estandarización y validaron cuatro pruebas para la identificación de: Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa y Staphylococcus aureus, así como 11 pruebas para identificar los genes involucrados en el mecanismo de resistencia a antimicrobianos; Clase A β-lactamasas (ESBL): blaTEM, blaSHV, blaKPC, clase B β-lactamasas: blaIMP, blaVIM, blaNDM, Clase D β-lactamasas: blaOXA-23-like , blaOXA-24-like , blaOXA-51-like , blaOXA-58-like y mecA de S. aureus resistente a meticilina. Encontrando que la sensibilidad, especificidad, Valor Predictivo Positivo (VPP) y Valor Predictivo Negativo (VPN) de las pruebas diagnósticas es del 100%, en comparación con el equipo automatizado Vitek 2 y la técnica de PCR punto final. Además, se determinó que la extensa resistencia a β-lactamicos en UCI es causada por la producción de β-lactamasas de amplio espectro (ESBL) mediada principalmente por blaTEM y blaSHV en A. baumannii, K. pneumoniae y P. aeruginosa. De esta manera, la aplicación de las técnicas de diagnóstico representan una alternativa para su uso rutinario en las instituciones de salud, favoreciendo el acertado y oportuno diagnóstico de las infecciones nosocomiales..."
"Healthcare-associated infections (HAI) are a significant cause of morbidity, mortality and an important economic burden due to the length of hospital stay. Also, the widespread and indiscriminate use of antimicrobials in the treatment of these infections promotes the selection and permanence of antimicrobial drug resistance (MDR) that may eventually emerge and spread in the hospital units. The objective of this work was to analyze the diversity of bacterial communities in the hospital facility, as well as to identify the bacteria that cause nosocomial infections in patients of the neonatal intensive care units (NICU), and adult intensive care units (ICU), supported by the development, standardization, and validation of rapid diagnostic assays. For this purpose, the analytical and clinical validation of 15 diagnostic assays based on loop-mediated isothermal amplification (LAMP) was performed with 192 cultures isolated from biological samples of patients with HAI infections in NICU and ICU, of the B.C.S. HGZ1 IMSS. Four assays were developed, optimized and evaluated for the identification of Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, and Staphylococcus aureus, as well as 11 tests to identify the genes involved in the mechanism of antimicrobial resistance; Class A β-lactamases (ESBL): blaTEM, blaSHV, blaKPC, class B β-lactamases: blaIMP, blaVIM, blaNDM, Class D β-lactamases: blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-51-like, blaOXA-58-like and mecA of methicillin-resistant S. aureus. The LAMP assays showed a higher detection rate and robust diagnosis performance in comparison to conventional PCR and Vitek 2, with clinical sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), and negative predictive value (NPV) of 100%. Furthermore, our findings support that the extensive resistance to β-lactams in ICU is caused by the production of extended-spectrum β-lactamase (ESBL) mediated primarily by blaTEM and blaSHV in A. baumannii, K. pneumoniae and P. aeruginosa. The developed LAMP assays are powerful tools that can be useful in local clinics and hospital facilities where costs and equipment limitations are imperative. As a preventive measure of the spread of these pathogens in the hospital environment, prospective detection of potential pathogens in the air was performed by sequencing the 16S gene of the ribosomal RNA from eight environmental samples collected from five areas of the B.C.S. HGZ1 IMSS..."
CENTRO DE INVESTIGACIONES BIOLÓGICAS DEL NOROESTE, S.C.
2020
Tesis de doctorado
Español
BACTERIOLOGÍA
Versión aceptada
acceptedVersion - Versión aceptada
Appears in Collections:Tesis de Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales

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