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http://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/1579| Desarrollo y evaluación de métodos moleculares para la detección e identificación de dinoflagelados tóxicos y nocivos en las costas de Baja California Sur | |
| Angélica Herrera Sepúlveda | |
| MONICA YANELLI PEREZ RAMIREZ SALVADOR EMILIO LLUCH COTA | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| ISBN: 978-607-7634-07-2 | |
| dinoflagelados, métodos moleculares, floraciones algales nocivas dinoflagellates, molecular methods, harmful algal blooms | |
| "En la actualidad, no existe un programa formal y bien establecido para el monitoreo de eventos de Floraciones Algales Nocivas (FAN) en las costas de México, la mayoría de los esfuerzos en este sentido se enfocan en la caracterización taxonómica y recuento de los organismos presentes en las muestras. Estas actividades conllevan tiempo y la necesidad de contar con taxónomos de fitoplancton. Por lo tanto, es necesario el desarrollo de nuevas técnicas para la rápida detección y enumeración de las especies formadoras de FAN. En este documento se presentan las principales actividades desarrolladas y los resultados obtenidos a la fecha. Para el análisis de comunidades, se llevó a cabo la estandarización de la técnica: Polimorfismo Conformacional de Cadena Sencilla acoplado a electroforesis capilar (CE-SSCP); análisis de disociación (HRM) y el diseño de sondas para la detección especie-específica. En el caso de CE-SSCP se analizaron 3 fragmentos: I) V4 18S SSU; II) D1/D2 28S LSU y III) D7 28S LSU, de los que el fragmento D7 presentó la mejor resolución. Para la detección especie-específica, se diseñaron diferentes sondas de hibridación utilizando el software ARB. Estas sondas son especie-específicas para la identificación de Prorocentrum rathymum, P. maculosum y P. belizeanum, y se diseñaron sondas grupo-específico para discriminar entre especies del género Prorocentrum con hábitos bentónicos y planctónicos. Adicionalmente, se presentan los resultados obtenidos durante el entrenamiento recibido para el montaje de la técnica de Hibridación Fluorescente in situ (FISH) y microarreglos. Finalmente, el análisis de disociación mostró resultados similares a los obtenidos con CE-SSCP en donde el fragmento V4 18S presentó múltiples temperaturas de disociación y D2 28S tiene una resolución insuficiente para distinguir entre las especies estudiadas." "At present, there is no formal and well-established program to monitor HABs in Mexican waters; most efforts in this regard focus on characterizing of the organisms present in the samples. Therefore, it is necessary to develop new techniques for rapid detection and enumeration of HAB-forming species. A monitoring program focused on HAB species using molecular methods will allow analyzing several samples in a short period of time without the need of phytoplankton taxonomy expertise. This document shows the main activities developed and the results obtained to date. For the community analysis, the following techniques were performed: single-strand conformation polymorphism coupled to capillary electrophoresis (CE-SSCP); melting curve analysis (HRM), and probe design for species-specific detection. With CE-SSCP methodology, 3 fragments were analyzed: (I) V4 18S SSU, (II) 28S D1/D2 LSU, and (III) D7 28S LSU. D7 fragment was the best option in terms of resolution. For species-specific detection, we designed different hybridization probes using ARB software. A set of species-specific probes to identify of Prorocentrum rathymum, P. belizeanum, and P. maculosum were designed, as well as group-specific probes for benthic and planktonic Prorocentrum. Additionally, the results obtained during technical training on Fluorescence in situ hybridization (FISH) and microarrays are shown here. Finally, the dissociation analysis showed similar results to those obtained with CE-SSCP, in which the 18S V4 fragment presented multiple dissociation temperatures and 28S D2 did not have a sufficient resolution to distinguish among the analyzed species." | |
| Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | |
| 2012 | |
| Capítulo de libro | |
| Biodiversidad y vulnerabilidad de ecosistemas costeros en Baja California Sur. Aportaciones de estudiantes de grado, posgrado y posdoctorado 2008-2012 | |
| Español | |
| ALGOLOGÍA (FICOLOGÍA) | |
| Versión publicada | |
| publishedVersion - Versión publicada | |
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| Capítulo 1 Biodiversidad y vulnerabilidad de ecosistemas costeros en Baja California Sur.pdf | Capítulo 1 Desarrollo y evaluación de métodos moleculares para la detección e identificación de dinoflagelados tóxicos y nocivos en las costas de Baja California Sur | 1.46 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |