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Estructura genética mediante SNPs en bancos de almeja generosa (Panopea globosa; Dall 1898) del Alto Golfo de California
KARINA ALEJANDRA VAZQUEZ ROJAS
PEDRO CRUZ HERNANDEZ
Acceso Abierto
Atribución-NoComercial-SinDerivadas
population genomics, outlier SNP, HAMSOM model of connectivity
Panopea globosa, dd-RADseq, genómica poblacional, SNP outlier, modelo de conectividad HAMSOM
"La almeja generosa (Panopea globosa) es un bivalvo sésil de amplia distribución en el Golfo de California y costa occidental de la península de B.C.S., la cual sostiene una pesquería creciente de gran importancia. Debido a ello, ha sido el objeto de estudio de múltiples trabajos de investigación, entre los que destaca la variabilidad genética con marcadores neutros sencillos (p.ej. microsatélites). Sin embargo, no se ha realizado un estudio a escala microgeográfica que permita identificar eventos en las poblaciones con marcadores genéticos capaces de diferenciar entre bancos, y mejorar el manejo de este recurso a nivel local. Esto se puede lograr con marcadores moleculares que tengan una elevada frecuencia en el genoma pues son los que tienen mayor potencial para evaluar la variabilidad genética. En el presente trabajo se realizó un acercamiento a la estructura genética dentro de las poblaciones del Alto Golfo de California (San Felipe, B.C., y Puerto Peñasco, Sonora), evaluando las frecuencias alélicas en bancos de P. globosa, mediante el uso de polimorfismos de una sola base (SNP), provenientes de la técnica de secuenciación de ADN asociada a dos sitios de restricción (ddRAD-seq). En total se obtuvieron 14,491 SNPs distribuidos en 8,326 loci, en los que se encontró una menor diferenciación entre bancos de la misma localidad (San Felipe). También se realizó una simulación de transporte de partículas con el modelo HAMSOM para evaluar la conectividad entre las dos poblaciones. Además, se detectaron 199 SNPs outlier con potencial para futuros análisis de asignación de origen (bancos). Con este trabajo se puso en evidencia que los bancos de almeja generosa en las localidades del Alto Golfo de California presentaron diferencias en las frecuencias alélicas en SNPs característicos entre los bancos de una misma localidad, y se observó una conectividad asimétrica entre las localidades, con una mayor retención de larvas en la localidad de San Felipe, y en menor grado un flujo de ésta hacia Puerto Peñasco."
"The Corte Geoduck (Panopea globosa) is a sessile bivalve widely distributed in the Gulf of California and west coast of the peninsula of B.C.S., which supports a growing fishery of great importance. Due to this, it has been the object of study of multiple research works, among them the assessment of genetic variability with simple neutral markers (e.g. microsatellites). However, a microgeographic study has not been carried out to identify events within the populations, with genetic markers capable of differentiating between stocks, and to improve the management of this resource at the local level. This can be achieved with molecular markers that have a high frequency along the genome, these DNA markers have a great potential to evaluate genetic variability. In the present study, we make an approach to the genetic structure within the populations of the Upper Gulf of California (San Felipe, BC, and Puerto Peñasco, Sonora), evaluating the allelic frequencies in P. globosa stocks, through the use of Single Nucleotide Polymorphisms (SNP), from the technique double digest Restriction site Assiciated DNA sequencing (ddRAD-seq). A total of 14,491 SNPs distributed in 8,326 loci were identified, in which a lower differentiation was found between banks of the same locality (San Felipe). A particle transport simulation was performed with the HAMSOM model to evaluate the connectivity between the two populations. In addition, 199 outlier SNPs with potential for future analysis of origin assignment (stocks) were detected. With this work it was proved that the generous clam banks in the Upper Gulf of California localities presented differences in the allele frequencies in characteristic SNPs between the banks of the same locality, and an asymmetric connectivity between the localities was observed, with a greater retention of larvae in San Felipe, and flow from San Felipe to Puerto Peñasco in lesser degree."
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.
2018-08
Tesis de maestría
Español
GENÉTICA ANIMAL
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